Exercices de logique faits avec des textes spécialisés en biologie

Les choses équivoques


Problème 1

Voici un texte de Jacques Monod dans lequel des questions importantes mais difficiles sont discutées. Ces questions relèvent à la fois de la philosophie et de la biologie. Faites-en une première lecture en tentant de saisir en gros ce que l'auteur veut dire. Relisez-le ensuite en répondant brièvement aux questions données à la fin du texte. Ces questions sont moins difficiles que le texte lui-même.

Le mécanisme de la réplication lui non plus ne saurait, sans violer les lois de la physique, échapper à toute perturbation, à tout accident. Quelquesunes au moins de ces perturbations entraîneront des modifications plus ou moins discrètes de certains éléments de séquence. Erreurs de transcription qui, en vertu de la fidélité aveugle du mécanisme, seront, à d'autres perturbations près, automatiquement retranscrites. Elles seront tout aussi fidèlement traduites en une altération de la séquence des aminoacides dans le polypeptide correspondant au segment d'ADN dans lequel la mutation se sera produite. Mais ce n'est qu'une fois ce polypeptide partiellement nouveau replié sur luimême que se révélera la "signification" fonctionnelle de la mutation.

Parmi les recherches modernes en biologie, certaines des plus belles par leur méthodologie, comme des plus profondément signifiantes, constituent ce qu'on appelle la génétique moléculaire (Benzer, Yanofsky, Brenner et Crick). Ces recherches ont permis, en particulier, d'analyser les différents types d'altérations accidentelles discrètes que peut subir une séquence de polynucléotides dans la double fibre de l'ADN. On a ainsi identifié diverses mutations comme dues à: 1. la substitution d'une seule paire de nucléotides à une autre; 2. la délétion ou l'addition d'une ou plusieurs paires de nucléotides; 3. divers types de "mastics" altérant le texte génétique par inversion, répétition, translocation et fusion de segments de séquence plus ou moins longs.

Nous disons que ces altérations sont accidentelles, qu'elles ont lieu au hasard. Et puisqu'elles constituent la seule source possible de modifications du texte génétique, seul dépositaire à son tour des structures héréditaires de l'organisme, il s'ensuit nécessairement que le hasard seul est à la source de toute nouveauté, de toute création dans la biosphère. Le hasard pur, le seul hasard, liberté absolue mais aveugle, à la racine même du prodigieux édifice de l'évolution: cette notion centrale de la biologie moderne n'est plus aujourd'hui une hypothèse, parmi d'autres possibles ou au moins concevables. Elle est la seule concevable, comme seule compatible avec les faits d'observation et d'expérience. Et rien ne permet de supposer (ou d'espérer) que nos conceptions sur ce point devront ou même pourront être révisées.

Cette notion est aussi, de toutes celles de toutes les sciences, la plus destructive de tout anthropocentrisme, la plus inacceptable intuitivement pour les êtres intensément téléonomiques que nous sommes. C'est donc la notion ou plutôt le spectre que doivent à tout prix exorciser toutes les idéologies vitalistes et animistes. Aussi estil très important de préciser dans quel sens exact le mot de hasard peut et doit être employé, s'agissant des mutations comme source de l'évolution. Le contenu de la notion de hasard n'est pas simple et le mot même est employé dans des situations très différentes. Le mieux est d'en prendre quelques exemples.

Ainsi on emploie ce mot à propos du jeu de dés, ou de la roulette, et on utilise le calcul des probabilités pour prévoir l'issue d'une partie. Mais ces jeux purement mécaniques, et macroscopiques, ne sont "de hasard" qu'en raison de l'impossibilité pratique de gouverner avec une précision suffisante le jet du dé ou celui de la boule. Il est évident qu'une mécanique de lancement de très haute précision est concevable, qui permettrait d'éliminer en grande partie l'incertitude du résultat. Disons qu'à la roulette l'incertitude est purement opérationnelle, mais non essentielle. Il en est de même, comme on le verra aisément, pour la théorie de nombreux phénomènes où on emploie la notion de hasard et le calcul des probabilités pour des raisons purement méthodologiques.

Mais dans d'autres situations, la notion de hasard prend une signification essentielle et non plus simplement opérationnelle. C'est le cas, par exemple, de ce que l'on peut appeler les "coïncidences absolues", c'estàdire celles qui résultent de l'intersection de deux chaînes causales totalement indépendantes l'une de l'autre. Supposons par exemple que le Dr Dupont soit appelé d'urgence à visiter un nouveau malade, tandis que le plombier Dubois travaille à la réparation urgente de la toiture d'un immeuble voisin. Lorsque le Dr Dupont passe au pied de l'immeuble, le plombier lâche par inadvertance son marteau, dont la trajectoire (déterministe) se trouve intercepter celle du médecin, qui en meurt le crâne fracassé. Nous disons qu'il n'a pas eu de chance. Quel autre terme employer pour un tel événement, imprévisible par sa nature même? Le hasard ici doit évidemment être considéré comme essentiel, inhérent à l'indépendance totale des deux séries d'événements dont la rencontre produit l'accident.

Or entre les événements qui peuvent provoquer ou permettre une erreur dans la réplication du message génétique et ses conséquences fonctionnelles, il y a également indépendance totale. L'effet fonctionnel dépend de la structure, du rôle actuel de la protéine modifiée, des interactions qu'elle assure, des réactions qu'elle catalyse. Toutes choses qui n'ont rien à voir avec l'événement mutationnel luimême, comme avec ses causes immédiates ou lointaines, et quelle que soit d'ailleurs la nature, déterministe ou non, de ces "causes".

Il existe enfin, à l'échelle microscopique, une source d'incertitude plus radicale encore, enracinée dans la structure quantique de la matière ellemême. Or une mutation est en soi un événement microscopique, quantique, auquel par conséquent s'applique le principe d'incertitude. Événement donc essentiellement imprévisible par sa nature même.

Comme on sait, le principe d'incertitude n'a jamais été entièrement accepté par certains des plus grands physiciens modernes, à commencer par Einstein qui disait ne pouvoir admettre que "Dieu joue aux dés". (Monod, pp.142-145 - référence complète)

Questions

a- Quel est le mot qui, selon l'auteur, est porteur d'équivocité et doit par conséquent être défini?
b- À combien de choses différentes ce mot peut-il renvoyer? L'équivocité ici présente est-elle une équivocité par hasard (sans mauvais jeu de mots...) ou de l'analogie? Y aurait-il ici un sens premier et un sens deuxième, ou un sens strict et un sens moins strict?
c- Identifiez les parties du texte où les significations de ce mot sont définies. (Si vous avez déjà complété l'étude de la théorie de la définition, demandez-vous quel procédé de définition ou d'explication l'auteur semble privilégier.
d- Expliquez en gros les deux sortes de hasard ici distinguées. Notez l'emploi, par l'auteur, des mots "essentiel", "opérationnel" et "accident".
e- Pour l'auteur, sous quel genre de hasard faut-il ranger les mutations génétiques, à la base de l'évolution des vivants?

Solutionnaire #1

Problème 2

Lisez une première fois ce texte, et relisez-le ensuite à la lumière des questions qui le suivent.

La biologie moderne a l'ambition d'interpréter les propriétés de l'organisme par la structure des molécules qui le constituent. En ce sens, elle correspond à un nouvel âge du mécanisme. Le programme représente un modèle emprunté aux calculatrices électroniques. Il assimile le matériel génétique d'un oeuf à la bande magnétique d'un ordinateur. Il évoque une série d'opérations à effectuer, la rigidité de leur succession dans le temps, le dessein qui les sous-tend. En fait, les deux sortes de programmes diffèrent à bien des égards. D'abord par leurs propriétés. L'un se modifie à volonté, l'autre non: dans un programme magnétique, l'information s'ajoute ou s'efface en fonction des résultats obtenus; la structure nucléique au contraire n'est pas accessible à l'expérience acquise et reste invariante à travers les générations. Les deux programmes diffèrent aussi par leur rôle et par les relations qu'ils entretiennent avec les organes d'exécution. Les instructions de la machine ne portent pas sur ses structures physiques ou sur les pièces qui la composent. Celles de l'organisme, au contraire, déterminent la production de ses propres constituants, c'est-à-dire des organes chargés d'exécuter le programme. Même si l'on construisait une machine capable de se reproduire, elle ne formerait que des copies de ce qu'elle est elle-même au moment de les produire. Toute machine s'use à la longue. Peu à peu les filles deviendraient nécessairement moins parfaites que les mères. En quelques générations, le système dériverait chaque fois un peu plus vers le désordre statistique, la lignée serait vouée à la mort. Reproduire un être vivant, au contraire, ce n'est pas recopier le parent tel qu'il est au moment de la procréation. C'est créer un nouvel être. C'est mettre en route, à partir d'un état initial, une série d'événements qui conduisent à l'état des parents. Chaque génération repart, non de zéro, mais du minimum vital, c'est-à-dire de la cellule. Dans le programme sont contenues les opérations qui parcourent chaque fois le cycle tout entier, conduisent chaque individu de la jeunesse à la mort. En outre, tout n'est pas fixé avec rigidité par le programme génétique. Bien souvent, celui-ci ne fait qu'établir des limites à l'action du milieu, ou même donner à l'organisme la capacité de réagir, le pouvoir d'acquérir un supplément d'information non innée. Des phénomènes tels que la régénération ou les modifications induites par le milieu chez l'individu montrent bien une certaine souplesse dans l'expression du programme. (...) en fin de compte, c'est le programme lui-même qui fixe son degré de souplesse et la gamme des variations possibles." (Jacob, pp.17-18 - référence complète))

a- Quelles sont les deux choses dont traite principalement cet extrait? Sont-elles équivoques ou univoques? Expliquez votre réponse, en n'oubliant pas d'indiquer quel est le mot qui les nomme toutes deux et qui est porteur d'équivocité ou d'univocité.
b- Parmi ces deux choses pareillement nommées, laquelle reçut d'abord ce nom?
c- S'il s'agit ici d'équivocité, est-ce de l'équivocité pure ou de l'analogie?
d- S'il s'agit d'analogie, de quelle sorte?
e- À partir de cet exemple, expliquez brièvement l'avantage que comporte l'emploi analogique des mots, mais aussi son danger lorsque cette équivocité est confondue avec de l'univocité.

Solutionnaire #2

 


Solutionnaire

Solutionnaire - problème 1

a- Il s'agit du mot "hasard".
b- L'auteur distingue au moins deux significations: le hasard "opérationnel" et "essentiel". D'après ce que semble dire l'auteur, le second hasard est un hasard au sens plus strict. Il y a bien sûr un rapport étroit entre les deux choses ici nommées "hasard", rapport qui explique cet emploi d'un même mot. Il s'agit donc d'analogie. (Voir là-dessus la réponse à la question 4.)
c- L'auteur procède surtout par énumération d'exemples ou de parties subjectives.
d-

Le hasard au sens strict, le hasard "essentiel", est l'indépendance totale entre deux événements, dont on ne peut donc, par définition, prévoir la simultanéité. L'exemple du marteau illustre, selon l'auteur, cette sorte de hasard.

Le hasard qui n'en est pas vraiment, c'est-à-dire qui n'est pas essentiellement du hasard tel que défini plus haut, mais qui est quand même appelé du hasard en vertu d'une certaine ressemblance et d'un glissement de sens, est le hasard "opérationnel": deux événements sont effectivement liés et leur simultanéité pourrait théoriquement être prévue, mais nous ne sommes pas capables, pour des raisons purement pratiques, de connaître ces liens et donc de faire des prédictions.

L'élément commun entre les deux définitions ou les deux "hasards" est notre incapacité à établir un lien entre les événements et donc à faire des prédictions. Mais dans un cas, c'est parce que ce lien n'existe pas (véritable hasard), alors que dans l'autre c'est parce que nos moyens de connaître ce lien bien réel sont trop limités (hasard apparent).

e- Pour Monod, il s'agit d'un hasard "essentiel".


Solutionnaire - problème 2

a- Le texte traite et compare le programme génétique, propre au vivant, et le programme informatique, propre à la machine. En tant qu'elles sont dites des "programmes", ces deux choses sont équivoques. En effet, ces deux programmes n'en sont pas au même sens, comme le montre bien l'auteur en expliquant certaines des différences qui les séparent: un même mot nomme deux choses mais suivant des définitions pas tout à fait identiques. Le début du texte est aussi très clair, lorsque l'auteur dit que par cet emploi du mot "programme" on "assimile le matériel génétique d'un oeuf à la bande magnétique d'un ordinateur": que veut dire ici "assimiler", sinon rendre semblables ou du moins plus semblables qu'elles ne le sont des choses différentes? On se doute bien que ce qui guide les opérations d'un vivant et ce qui guide les opérations d'une machine ne peuvent pas être exactement de même nature, malgré des ressemblances.
b- Le début du texte dit que "le programme représente un modèle emprunté aux calculatrices électroniques". C'est donc dire que le mot a d'abord nommé le programme informatique, et que c'est par après qu'on a parlé de programme dans le cas du vivant, en vertu d'une certaine ressemblance avec le code génétique.
c- L'équivocité ne peut être pure puisqu'elle a été établie à dessein, par exprès, et ce en vertu d'une ressemblance ou d'un lien réel entre les deux choses pareillement nommées. Il y a donc analogie.
d- La question est difficile et demanderait sans doute un long développement. À titre indicatif, signalons simplement la ressemblance entre cette analogie et celle qui est derrière l'emploi du mot "voir" pour désigner l'activité intellectuelle de compréhension: l'intellection est dite une vue parce que sa relation à son objet ressemble à celle qui existe entre le vue au sens concret du terme et son objet. Ne peut-on pas voir quelque chose de semblable, ici: le code génétique est dit être le programme du vivant parce que sa relation au vivant évoque celle qu'entretient le programme informatique avec l'ordinateur? Il s'agirait alors d'une analogie de proportionnalité.
e-

La plupart du temps, lorsqu'un mot servant à désigner une réalité est nouvellement utilisé pour en nommer une autre, c'est pour initier ou appuyer un passage du connu à l'inconnu. Ainsi, dans notre exemple, le programme informatique, produit par l'être humain et plus simple, est plus connu de nous, et c'est en s'aidant de la connaissance que nous en avons que nous tentons d'appréhender cette complexe et difficile réalité qu'est le code génétique du vivant. C'est tout naturellement qu'au moment d'aborder quelque chose de nouveau nous tentons de faire des parallèles avec des réalités mieux connues de nous, et ce mouvement se reflète dans le langage.

L'analogie des mots devient un danger lorsqu'elle n'est pas sentie; lorsque, illusionnés par l'unité du mot, nous présumons de l'unité de la définition. Pour qu'il y a ait analogie, il faut qu'il y ait des ressemblances, certes, mais il faut aussi qu'il y ait des différences - sinon on parlerait non pas d'analogie mais de parfaite unité de nature et de définition, autrement dit d'univocité. Par exemple, si parce qu'un même mot, "programme", désigne à la fois les instructions informatiques et le code génétique on s'imagine que les deux réalités se définissent de la même façon et donc sont identiques, on pensera peut-être, à tort selon Jacob, que le code génétique est très rigide et invariable, simplement parce que c'est ainsi qu'on connaît le programme informatique.


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